Бронзовый век представлен в марийском крае Усть-Ветлужским могильником, который относится к сейминско-турбинскому феномену и отражает миграции индоевропейских народов.
Финно-угорские племена населяли территорию современной европейской части России с доисторических времен. На территории республики Марий Эл сохранились археологические источники, относящиеся к первому тысячелетию до н. э. Так как марийская письменность — тисте использовалась исключительно для записей хозяйственно-экономической информации, а татарские письменные источники были уничтожены при взятии Казани, почти все письменные сведения об истории средней Волги связаны с русскими источниками.
Черемисы (современное название — марийцы) впервые достоверно упоминаются в X веке в письме хазарскогоцаря Иосифа сановнику кордовского халифа Хасдаю ибн Шафруту. Предки современных марийцев между V и VIII веком взаимодействовали с готами, позднее с хазарами и Волжской Булгарией, которая находилась на территории современного Татарстана и была в 1236 году уничтожена наступавшими на Русь монгольскими войсками хана Батыя. С образовавшейся после этого Золотой Ордой марийцы, по-видимому, состояли в союзнических отношениях. С XIII по XVI век марийцы входили в состав Золотой Орды и Казанского ханства.
С IX века марийцы вошли в контакт с продвигавшимся на восток славянским и славяно-финским населением, основавшим города Ростов, Галич, Ярославль, Суздаль, Владимир и в 1221 году Нижний Новгород. Таким образом, марийцы попали в сферу влияния Киевской Руси. Постепенно западные марийцы по принятии христианства ославянились, нежелающие принимать христианство бежали на восток. В Средние века обычным делом стали русско-татарские столкновения на марийских землях. В 1551 году земли горных мари (правобережье Волги) попали под контроль Русского царства, а в 1552 году царские войска взяли Казань, и луговые мари начали платить Русскому царству дань. Начался 30-летний период черемисских войн, который завершился воздвижением городов-крепостей для постоянного содержания военных гарнизонов (в 1583 году основан Козьмодемьянск, в 1584 году — Царевококшайск — ныне Йошкар-Ола, Яранск, Санчурск) и последующим заселением русскими региона.
Принудительная христианизация привела к тому, что марийцы ушли в леса, оставляя пустыми целые деревни. При Петре I марийцев начали призывать в армию, упразднили тарханное сословие. Наряду с этим началось научное исследование территории, появились первые письменные памятники марийского языка на кириллице. Первая марийская грамматика Пуцека-Григоровича появилась в 1775 году. Положение марийцев оставалось достаточно сложным, и в 1775 году они массово поддержали восстание Пугачёва.
В 1872 году открылась Казанская учительская семинария, одной из задач которой было обучение представителей волжских народов, в том числе марийцев. Это дало серьёзный импульс развитию образования и культуры (в том числе национальной) в регионе.
До Октябрьской революции марийцы (как и большинство народов России) не имели своей государственности и были разбросаны в составе Казанской, Вятской, Костромской, Нижегородской, Уфимской и Пермской губерний. И сегодня из 670 тысяч марийцев только 324,3 тысячи проживают в Республике Марий Эл. Исторически сложилось так, что 51,7 % мари проживают вне пределов своей республики, в том числе 4,1 % вне пределов России.
После Октябрьской Революции, 4 ноября 1920 года, была образована Марийская автономная область. В 1922 году область сильно пострадала от охватившего Поволжье голода. В мае 1922 году в Марийской автономной области голодающими числились по официальным данным 466 486 человек (из них 164 429 детей).
В 1920-е годы были установлены две равноправные языковые литературные нормы: луговомарийский язык и горномарийский язык. Эти годы, как и в других национальных республиках, ознаменовались активным развитием национально-культурного строительства.
15 июля 1929 года Марийская автономная область вошла в состав вновь образованного Нижегородского (с 1932 — Горьковского) края. 5 декабря 1936 года Горьковский край был упразднён, Марийская автономная область преобразована в Марийскую АССР, непосредственно входящую в РСФСР.
5 декабря 1936 года Марийская автономная область преобразована в Марийскую АССР. 22 октября 1990 года — Марийская Советская Социалистическая Республика (МССР), не выходя из РСФСР. 9 декабря 1992 года — Республика Марий Эл (поправка к Закону вступила в силу с момента опубликования в «Российской газете» 12 января 1993 года). Название — по этническому самоназванию её коренного населения — мари(«мужчина, муж»). Марий «мари, мариец, марийский», эл «страна, край».
В 1936 году на территории республике было решено построить целлюлозно-бумажный комбинат, призванный обеспечить импорт-замещение производственных товаров. Было объявлено о всесоюзной стройке на территории Лопатинского затона. 26 августа 1939 года решением Верховного Совета РСФСР был создан Лопатинский район с районным центром в посёлке Лопатино при строящемся целлюлозно-бумажном комбинате. В 1940 году посёлок был переименован в Волжск и ему был присвоен статус города. В связи с переименованием район также был переименован в Волжский район. Строительство машиностроительных предприятий дало толчок развитию Волжска, который вскоре стал крупным промышленным центром наряду с Йошкар-Олой.
В годы войны были призваны на фронт свыше 130 тысяч человек. Вернулись домой немногим более 56 тысяч человек. На территории республики были размещены и трудоустроены трудящиеся, эвакуированные из западных областей СССР. В республике вступили в строй предприятия, перебазированные из Москвы, Ленинграда, Одессы и др. городов. В Йошкар-Олу был переведен ряд научно-исследовательских учреждений Ленинграда. В послевоенные пятилетки в республике возникли новые крупные предприятия машиностроительной, приборостроительной и др. отраслей промышленности.
1972 год — открытие первого университета на территории республики (Марийский государственный университет — МарГУ).
В октябре 1990 года принята Декларация о государственном суверенитете, с 1992 года современное название — Марийская Республика (Марий Эл).
1995 год — преобразование Марийского политехнического института (МПИ) в Марийский государственный технический университет (в 2012 году преобразован в университетский комплекс Поволжский государственный технологический университет — ПГТУ).
В 2000-х в столице республики городе Йошкар-Ола были построены и реконструированы многие объекты культуры, такие, как Царевококшайский кремль, набережная, Архангельская слобода, бульвар Чавайна, бульвар Победы и др.
